在评估MES和ERP系统集成效果时，企业可能会遇到以下常见问题和挑战：

1. 系统集成与数据一致性：确保MES和ERP系统之间的无缝集成和数据一致性是一个主要挑战。需要实施强大的集成方案，利用现代化的API技术或中间件，确保信息在系统之间流畅传递 。

2. 安全与数据保护：随着企业信息化程度的提高，保障系统安全性和数据保护变得尤为重要。MES系统通常直接与生产设备连接，需要防止未经授权的访问和数据泄露 。

3. 业务流程优化与定制需求：每个企业的业务流程和需求各不相同，因此MES与ERP系统的部署需要充分理解和优化企业现有的业务流程，实现最大化的业务效率提升 。

4. 成本管控与ROI回报：MES与ERP系统的部署通常需要显著的投资，包括软硬件采购、人力资源和培训成本等。企业面临的挑战之一是如何在投入与回报之间找到平衡点，实现投资的快速回报率（ROI） 。

5. 技术标准不统一：市场上的ERP和MES系统由多家供应商提供，各具特色，采用的技术标准和接口规范各异，这也加大了系统间的兼容性和互操作性的难度。

6. 系统架构差异：ERP系统和MES系统在服务层级和关注点上存在显著差异，导致系统架构和数据模型存在显著差异，这给接口设计和数据对接带来了很大难度 。

7. 数据交互复杂性：ERP系统注重宏观资源调度和整体计划安排，而MES系统需要对生产过程中的实时细节进行精确控制，这些数据的实时性和准确性要求极高，使得数据交换的复杂度大大增加 。

8. 业务流程不一致：ERP系统遵循的是企业全局的业务逻辑，而MES系统关注的是具体的制造流程和操作步骤，不同企业可能拥有各自独特的业务流程和规则，导致ERP与MES之间业务流程的映射与协同变得错综复杂 。

9. 人员培训与变革管理：进行人员培训和变革管理，确保整个组织能够顺利接受新系统的部署和使用，是实施过程中的重要挑战 。

10. 持续支持与技术更新：随着技术的进步和企业需求的变化，MES与ERP系统的持续支持和技术更新是另一个重要挑战，需要建立完善的技术支持团队，定期系统维护与更新 。

解决这些问题需要企业在实施过程中充分考虑到各种因素，并制定详细的计划和方案。通过科学的规划与执行，可以有效应对这些挑战，并实现系统带来的长期价值和竞争优势。